La moitié est du département est occupée par la partie méridionale du massif jurassien, qui est aussi la plus haute, le point culminant (crêt de la Neige, altitude 1 718) étant situé dans l'Ain. Limitée au sud par la vallée du Rhône, c'est une zone très montagneuse, à l'exception des environs de Gex, situés à la périphérie de Genève. Le climat est rude, longuement enneigé l'hiver, et bien arrosé à la fin du printemps. La moitié ouest, pour laquelle on pourra également consulter les données climatiques de Lyon ou de Maçon (Saône-et-Loire), est au contraire composée de plaines, Bresse et Dombes, cette dernière étant particulièrement marécageuse, parsemée d'étangs. Les abords de la Saône sont en outre sujets aux inondations. Le climat est de type continental, bien ensoleillé l'été (autant qu'à Toulouse), mais très gris l'hiver à cause des brouillards, fréquents et souvent persistants.